En el Calafafe abunda la típica vegetación de la estepa patagónica: coirones, mata negra y calafates de flor amarilla y fruto morado, llegando al glaciar se ingresa a un bosque donde encontrarán ñires, guindos, lengas, canelos y sobre todo notros, de color rojo intenso, típica flor del bosque andino patagónico.

Dentro de la fauna patagónica se destacan los choiques, las liebres patagónicas, armadillos, zorros, pumas; ganados ovinos, vacunos, y equinos; flamencos rosados, cauquenes, macaes, cisnes de cuello negro, bandurrias, gallaretas, loicas, teros, patos, condores, aguilas moras, entre otros.